一种理论认为，肛门癌可能以某种方式与人乳头状瘤病毒（HPV）（一种性传播感染）相连。这是基于几乎所有肛门癌患者，特别是那些鳞状细胞癌患者发现HPV的证据。然而，大多数HPV患者不发展肛门癌。正在进行研究以阐明HPV在发展肛门癌中的作用（如果有的话）。
 
除了已知的HPV，肛门癌的其他可能的原因包括：
免疫系统减弱 - 如果通过使用某些药物或人体免疫缺陷病毒（HIV），身体抵御感染的能力受到损害，像HPV这样的病毒往往变得更加活跃，这可能引发肛门癌。
吸烟 - 烟草烟雾中含有的致癌化学物质可以从肺部移动到身体其他部位，包括肛门。吸烟也可能会损害身体的免疫系统，使其在打击HPV和其他感染方面效果较差。
其他类型的癌症 - 虽然因果联系尚未确定，但肛门癌有时会发生在具有宫颈，阴道或外阴癌症的妇女和阴茎癌男性。
重要的是要注意，在许多情况下，肛门癌似乎与这些因素无关，其具体原因是未知的。

 
被诊断患有肛门癌后，有些患者寻求有关生存率的信息。这是可以理解的 事实上，有些人发现当他们有关于各种治疗方案的过去完成率的一般资料时，他们能够更好地应付。不过，其他人可能会发现这样的统计数字令人困惑或太过于笼统，无法使用。对于较准确的信息，患者的权威来源是熟悉其病例的医师。有经验的医疗专业人士可以在适当的情况下解释整体统计资料，并提供个性化的预后信息。
 
在讨论患者的预后时，医生通常会考虑可能影响癌症及其治疗的所有因素。为了解释个别患者病例可能发生的情况，医师可能会提及数以千计的研究人员研究肛门癌患者收集的数据。如果可能，医生将识别和使用与患者较相似的人的统计数据。
 
据说，肛门癌的生存率可以取决于一些事情，如：
癌症的类型和位置
诊断时癌症的阶段
癌症生长和传播的速度
患者对治疗的反应
病人的年龄和一般健康状况
当考虑肛门癌的生存率时，患者记住预后可以改变也是重要的。例如，肛门癌可能对治疗反应非常好 - 甚至比原来预期的更好。此外，通过研究突破和成功的临床试验，不断提供新的和更好的治疗方案。

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