医疗保险可分为2大类，一类被用者保险或称之“职工健康保险，”其中可分为共济组合保险，组合掌管保险、政府掌管保险，船员保险等占65.9%，另一类是国民健康保险，主要是农业人口，退休老人，自由职业者，其可分为市町村国保、组合国保2种，占34.1%。

医疗保险经费来源，个人按收入8%交纳，不足部分由国家及地方财政补贴，凡参加医疗保险均可报销一定比例的医疗费用，大部分为80%至90%,自付10%至20%,家属可报销70%至80%,凡医疗费6.7万元/月以上,超额部分实行全额报销。

对承担医疗保险的机构即医院、诊所和药房都要签定承担医疗保险任务的合同，合同由地方政府及保险组合联合审批。医疗保险一般不实行定点医疗，病人有自由选择医院和医师的权利。医疗保险支付标准，由厚生省中央社会保险医疗协会第2年修订1次，患者就医时，除了自付挂号费和自付部分外，其余医疗费用由医院每月向医疗保险组织提供结算清单和票据，报酬计算论据《医疗保险点数表》进行积分计算，每点分值为10日元。如住院进行消化道溃疡诊疗，住院费、诊疗费、检查费累计为1万点。合计费用为10万日元。但保险组织对医疗费用的支付相当严格，需由医疗保险支付基金和医疗顾问联合审核后方支付。

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